東京農工大學是一所小規模的單科大學，設有農學和工學兩個院系，教員僅三百余人（2021年數據）。東京農工大學還是最早接受中國公費留學生的日本大學，該校于光緒三十年為近代中國培養出第一個公費留日學生。東京農工大學僅設有11個本科專業，每年僅招收數百新生。根據2021QS排名，在象征學術能力的citations per faculty指標，東京農工大學位列日本第三，僅次于東京大學和東京工業大學，排名世界第225。

作為專注科學研究，小而精的日本著名研究型國立大學，東京農工大學在規模極小的情況下卻誕生了諸多世界頂尖的科研成果。東京農工大學注重產學研合作，其教員同企業的共同研究人均實施件數排名日本第一，從企業獲得的人均科研經費排名日本第五，2011年的知識產權收入排名全日本第一。2021QS世界大學排名中，名列世界第601-650位。

東京農工大學學校排名

2021QS世界大學排名，位列601-650區間。

2020年泰晤士高等教育日本大學排名中位居第18位。

在2019年QS排名中東京農工的農學處在日本前三，世界50強。其工學院的入學難度常年排在日本前十五。

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